El Pronace Agua contribuye a la formación de colectivos de investigación e incidencia que diseñen y gestionen soluciones de fondo y a escala nacional para los más graves problemas del ciclo socionatural del agua.
Se trata de un objetivo de enorme complejidad que apunta a dos tareas principales: 1) desarrollar un modelo de colaboración sustantiva entre organizaciones de base comunitaria, la comunidad científica, autoridades de todos los órdenes de gobierno y, en su caso, empresas privadas, para que generen conocimiento y orienten el sentido de la política pública del Estado mexicano hacia el bien común y la justicia ambiental, y 2) articular tres dimensiones esenciales para la producción de soluciones justas: sujetos sociales maduros, un sistema instrumental basado en conocimiento científico de frontera y saberes populares, y un conjunto de prácticas e instituciones éticas, políticas, económicas, sociales y ecológicas que garanticen la eficacia, coherencia y perdurabilidad de las soluciones propuestas.